提取FFPE組織中的核酸時(shí)的難點(diǎn)

使用福爾馬林固定過組織，其組織中的蛋白質(zhì)與核酸（DNA與RNA）會(huì)失去生物活性。福爾馬林和石蠟作為固定劑和包埋劑，將細(xì)胞保護(hù)在其中，十分影響核酸的提取，并且長時(shí)間的保存可能會(huì)使樣品中的核酸發(fā)生降解。

傳統(tǒng)的方法會(huì)使用二甲苯來溶解石蠟，這種有機(jī)溶劑高度易燃，在實(shí)驗(yàn)過程中需要先多次使用二甲苯來溶解石蠟，之后需要多次使用乙醇來沖洗殘留的二甲苯。在使用二甲苯溶解石蠟的過程中，大量的二甲苯可能會(huì)對(duì)核酸造成損傷，進(jìn)一步加劇核酸的降解；在溶解與沖洗過程中，即使再仔細(xì)也難免將寶貴的組織材料沖掉；并且沖洗過程很難將二甲苯WAN全洗凈，殘留的二甲苯也會(huì)影響核酸的提取效果。

此外，組織的消化程度也會(huì)影響DNA的提取效率，組織不WAN全消化極大的影響DNA的提取效率。

總的來說，從FFPE組織中提取DNA受到以下幾個(gè)因素的制約：組織材料有限且長時(shí)間保存導(dǎo)致DNA受損，產(chǎn)量降低；使用福爾馬林浸泡組織，導(dǎo)致不可逆的DNA交聯(lián)，這部分DNA已無法進(jìn)行擴(kuò)增。

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（貨號(hào)56404）技術(shù)原理

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（貨號(hào)56404）可以成功克服影響FFPRE DNA提取質(zhì)量的因素，從而得到高質(zhì)量DNA。

QIAamp DNA FFPE Tissue Kit使用成熟的QIAamp MinElute技術(shù)，從小體積樣本中純化基因組DNA和線粒體DNA。該試劑盒同時(shí)具備硅膠膜選擇性結(jié)合DNA的特性，以及20 µl到100 µl的靈活洗脫體積。

經(jīng)專門優(yōu)化的裂解條件，無需過夜溫育即可從福爾馬林固定、石蠟包埋組織中高效純化基因組DNA。蛋白酶K消化后在較高的溫度溫育，部分去除游離DNA的福爾馬林交聯(lián)，提高DNA產(chǎn)量和純度，更適用于下游應(yīng)用。需要注意的是，從福爾馬林固定、石蠟包埋樣本中分離的DNA分子量通常低于新鮮或冷凍樣本中的DNA。DNA片段化的程度取決于樣本類型、儲(chǔ)存時(shí)間以及固定的條件。

使用Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（貨號(hào)56404）提取的高質(zhì)量DNA可以直接應(yīng)用于多個(gè)下游反應(yīng)。如單核苷酸多態(tài)性（SNP）、短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）基因分型和藥物基因組學(xué)研究，也可用于PCR。

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（貨號(hào)56404）的優(yōu)點(diǎn)：

1. 流程簡單

2.最快僅30分鐘即可得到高純DNA

3.特別適用于同時(shí)處理多個(gè)樣本。

4. 從小體積樣本中純化基因組DNA和線粒體DNA